副总理也先帖木儿知道消息后，立即骑马跑到元世祖那里，把突发事变的经过报告了皇帝，当时那里的驻军司令察罕脑儿，听了以后，两眼回圆睁，头发倒立，非常震怒，立即率领军队，急如星火，当天就赶到了上都。先帖木儿命令监察委员孛罗、司徒和礼霍孙、委员阿里等人，立即向各地发布通告，要求各地派出军队，到大都会齐，合力平定叛乱。
庚辰那天，他们在高梁河捕获了高和尚。辛巳那天，孛罗等人到达了大都。壬午那天，他们在刑场上，诛杀了叛乱发起人王着、高和尚，用乱刀把他们无情地砍成了肉酱，并杀害了张易。
王着在刑场上，知道自己消灭阿合马的目的已经达到，心里非常痛快，临刑时他大声高呼说：“我王着见义勇为，为天下除害，今天死了，毫不后悔，以后必定有人记录这一重大历史事件，让我青史留名，流芳百世，永垂不朽，我死得其所，死而无憾！”
阿合马死后，元世祖也还一直蒙在鼓里，并不完全知道他的阴谋诡计，奸诈之处，他命令监察部官员责问阿合马的妻子，了解到了许多情况。
等到皇帝详细地询问到孛罗的时候，才完全知道了阿合马所犯下的所有滔天罪行，那时他才真相大白，如梦初醒，皇帝不禁大怒起来，高声叫道：“王着杀阿合马，杀得好，为民除害，我举双手赞成！”
元世祖忽必烈为了发泄心中的怨气，下令挖开阿合马的坟墓，砍开棺材，把阿合马碎尸万段，无情抛弃在通玄门外，让成群的野狗尽情地吃完他的肉。那些饱受欺压的官员和老百姓，看见粉碎了阿合马集团，无不拍手称快，奔走相告，敲锣打鼓地热烈庆贺。
阿合马集团被消灭后，朝廷斩草除根，他的儿子侄子也被全部逮捕杀害，他的家产也被全部没收没。阿合马的的小老婆，有一个名叫引住的，为了活命，藏得很隐密，躲藏在二个被煮熟的人皮柜子中，两只耳朵都还存在，一个被阉割的太监掌管着柜子上的钥匙，打柜子，把她拖了出来，对她进行严格审讯，她说她也不知道是谁，早已吓得昏了过去，失去了理智。
也许也是阿合马榨取的民脂民膏太多，吃得太多，所以叫他迸溅出来，加倍予以偿还，真是罪大恶极，罪有应得。那些叛党又趁机杀死了中央高官中书令郝镇，拘捕了右丞官张惠。顿时宫廷中大闹起来，乱作一团，毫无秩序。
叛乱已经平定后，元世祖就返回燕京都城，还认为阿合马等人是被冤枉杀死的，准备加以抚恤，真是是非颠倒，黑白混淆。枢密副使官孛罗，史书上也记载为博罗。他挺身而出，竭力反对抚恤阿合马的家人，还历数阿合马的罪状，愤怒地大声说：“他真是该杀！完全该杀！他罪大恶极，死有余辜。只是难为了王着，他为民除害，死得冤枉。”
忽辛当时是江淮右丞官，被逮捕以后，皇帝命令朝廷的大臣对他进行审讯，忽辛反驳他们说：“你们曾经接受过我家的钱财，怎么有资格审问我所犯下的罪过？”后来轮到参知政事官张雄飞审问忽辛的时候，他先询问忽辛说：“我也曾经接受你们家的钱财没有？”
忽辛回答说没有，张雄飞接着对他说：“你如此说来，我就有资格审问你了？”就审问清楚了忽辛的罪过，依法将他处死。元世祖后来双听说郝镇党羽的罪恶，也下令对他进行屠杀尸体的惩罚。
另外还有右丞官耿仁，与郝镇一样犯有同样的罪过，把他关进监狱，判处了死刑。其余的犯罪分子，也一律罢免，予以严惩，并裁减了多余的官员七百一十四人，撤销了官府机构二百多所，通过这次大清洗，朝廷内外总算整顿好了。
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