至献帝时，董卓发动叛乱。孙坚率军攻入洛阳。一天早晨，兵士看见城南甄的皇宫中，一口井中有五彩云气，就派人进去看个究竟，发现一个投井自尽的宫女，她的颈脖上系着一小匣，匣内所藏的正是传国玉玺。孙坚如获至宝，将其秘藏于他的妻子吴氏处。
后袁术拘捕了吴氏，夺得了玉玺。袁术死后，荆州刺史徐璆携带着玉玺到许昌，当时曹操位高权重，挟持着献帝，狐假虎威，号令诸侯，至那时，传国玺得以重归汉室。
汉献帝延康元年，公元220年，献帝被迫“禅让”，自行退位，曹丕建立了魏国，改元黄初。就命令人在传国玺的肩部，刻上了隶字“大魏受汉传国玺”，以证实他并非是篡夺汉朝的政权，其实完全是欲盖弥彰，人所共知。
魏元帝曹奂咸熙二年，公元265年，司马炎仿照魏国篡夺汉朝政权的办法，称晋武帝，改元泰始，传国玺归到了晋王朝。晋永嘉五年，公元311年，前赵刘聪俘虏了晋怀帝司马炽，玺归给了前赵王朝。
十九年后，后赵石勒灭前赵，得到玉玺。更是别出心裁，于右侧加刻了“天命石氏”。又过了二十年，再传给了冉魏，后冉魏求乞东晋军救援，传国玺为晋将领骗走，并以三百精骑连夜送至首都建康，今南京，由此，传国玺乃重归晋朝司马氏的囊中。
南朝时，传国玺历经宋、齐、梁、陈四代更迭。隋朝再次统一中国，将传国玺收入了隋宫。大业十四年，公元618年3月，隋炀帝杨广被杀于江都，今扬州，隋王朝灭亡。萧后携太子元德携传国玺逃避到漠北突厥部落。
唐初，太宗李世民因无传国玉玺，乃刻数方“受命宝”、“定命宝”等玉“玺”，聊以自慰。贞观四年，公元630年，李靖率军讨伐突厥，同年，萧后与元德太子背突厥而返归中原，传国玺归于李唐王朝，太宗李世民龙颜大悦，心花怒放，高兴得不行。
唐末，天下大乱，群雄四起。唐天佑四年，公元907年，朱全忠废除了唐哀帝，夺取了政权和传国玺，建立后梁王朝。十六年后，李存勗灭后梁，建立后唐国，传国玺转归后唐。又十三年后，石敬塘引契丹军至洛阳，末帝李从珂怀抱传国玺登玄武楼的投湖自尽，传国玺就此失踪。
后周太祖郭威时，在全国范围内寻找传国玺，没有结果，无奈镌“皇帝神宝”等印玺两方，一直传至北宋。北宋哲宗时，有农夫名段义的人，在耕田时发现传国玺，送至朝廷。经十三位大学士依据前朝记载，多方考证，认定乃是秦始皇帝所制的传国玺，是真货。而朝野有的识之士多持怀疑态度，认为那是假货。
至北宋末年，徽宗好风雅，增刻印玺十方，当时人有人讥笑他是画蛇添足，多此一举，其实徽宗好像有淡化传国玺地位的深意在其中，只是很少有人知道罢了。
玉玺宋靖康元年，即公元1126年，金兵攻破汴梁城，徽钦二帝被掠到北方，“传国玺”被大金国掠走，其后就销声匿迹，无人知晓了。
元至元三十一年，公元1294年，世祖忽必烈死后。“传国玉玺”忽然出现在大都，被人拿着在市场上叫卖，为当权的总理伯颜发现了，就叫人购买了下来。
这枚印章的来历，真是说来话长，历经波折。原来是木华黎的曾孙硕迪，他死亡以后，家庭逐渐贫困起来，他的妻子穷困潦倒，难以为生，就拿出家里收藏的一枚玉印，在市场上去贩卖，被朝廷中的中丞相崔或买了过去。崔或就召唤秘书监丞杨桓到家里，共同辨认印章上面的文字，认出是“受命于天，既寿永昌”八大篆体字。崔或看了非常吃惊，说：“这莫非就是传说中，秦朝的玉印吗？”
人们不可理解的是，秦朝的玉印早就在战火中被毁掉了，为什么现在又重新出现了，况且木华黎是元代初期名将，既然得到这枚玉印，怎么能瞒着皇帝隐藏起来，不直接献给皇上，由此看来，这枚玉印一定是伪造的，不是真实的，不过是借此机会向朝廷讨好，投机取巧罢了。后来这枚玉印就贡献给了过去的太子那位姓弘吉剌的老婆。
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